Istorizmo stiliaus pastatas buvo pradėtas statyti 1897 metais ir tai yra pati jauniausia Kemerių bažnyčia. Tai 19,5 metrų ilgio ir 8,70 metro pločio trijų navų pastatas. Pamato akmuo buvo pašventintas 1897 metų rugpjūčio 1 dieną. Po mėnesio prasidėjo statybos darbai, jie baigti 1899 metais. Medžiagų ir lėšų bažnyčios statybai parūpino kunigaikštis Bogdanas Oginskis. Iš jo dvaro Kauno gubernijoje buvo atvežta miško medžiaga, kurią panaudojo medinei bažnyčiai statyti. Už poilsiautojų suaukotas lėšas buvo įrengtas bažnyčios vidus. Didįjį altorių papuošė italų dailininko Budžario paveikslas „Šventasis Jonas krikštytojas“, kurį padovanojo Peterburgas, deja, per Pirmąjį pasaulinį karą kartu su bažnyčios varpu jis dingo. 1899 metų rugpjūčio 1 dieną maldos namus pašventino Rygos sopulingosios Dievo motinos bažnyčios probstas Janis Jacevičius.
Šio įvykio garbei kursavo traukinys Ryga–Kemeriai. Sezono metu pamaldos vykdavo kiekvieną sekmadienį su Rygos kunigais.
Antrojo pasaulinio karo metu bažnyčia buvo paversta ligonine ir arklide. Karui pasibaigus bažnyčiai reikėjo esminių renovacijos darbų, tačiau tarybų valdžia nedavė sutikimo. Visgi metams bėgant restauracijos darbai pamažu vyko, buvo pataisytos lubos ir grindys, nupirkti vargonai ir ąžuoliniai suolai.